No final de 2003, a SBP se modernizou ao criar a Fundação Sociedade Brasileira de Pediatria (FSBP) para gerenciar seus recursos financeiros. Diante do desafio de dinamizar a captação de verbas e a implementação de políticas em prol da infância e da adolescência, a FSBP inaugurou uma fase de profissionalismo na busca por parcerias e fontes regulares de receitas que permitam multiplicar e aprofundar as ações da especialidade.

Localizada em São Paulo, a Fundação tem estrutura própria para articular projetos e campanhas com órgãos governamentais, associações e empresas interessadas em propiciar saúde e desenvolvimento a crianças e adolescentes. Além da diretoria executiva, conta com três conselhos – Curador, Consultivo e Fiscal –, que conferem transparência e seriedade às decisões. Suas atividades são fiscalizadas ainda pelo Ministério Público.

A principal finalidade da FSBP é apoiar atividades culturais, de ensino, pesquisa e assistência à criança, ao adolescente e à família, convertendo números em grandes campanhas sociais. Atualmente, também administra os congressos pediátricos, os programas de educação continuada, as publicações científicas e institucionais da SBP, inclusive as eletrônicas.