Nasceu no Rio de Janeiro em 1863. Estudou na Faculdade Nacional de Medicina e iniciou sua carreira como clínico em Lage de Muriaé, no interior do estado do Rio de Janeiro. Em 1903, publicou sua célebre obra Elementos de Semiologia Infantil, que projetou seu nome mundialmente. No mesmo ano, foi admitido como titular da Academia Nacional de Medicina. Em 1909, foi convidado para dirigir a Policlínica de Crianças, que mais tarde se tornou a Escola de Pediatria. Em 1910, fundou a Sociedade Brasileira de Pediatria.
Em 1921, assumiu a chefia da Inspetoria de Higiene Infantil, do Departamento Nacional de Saúde. Sua gestão culminou com a instalação do Abrigo-Hospital Artur Bernardes, atualmente Instituto Fernandes Figueira. Foi autor de significativa obra literária e historiográfica, além de membro de diversas associações médicas e pediátricas no Brasil e no exterior.
Figueira é presidente perpétuo da Sociedade Brasileira de Pediatria. Por sua obra e por tudo que representa para a Pediatria brasileira, a SBP lhe conferiu a cadeira número 3 de seu Conselho Acadêmico.